腫瘤細(xì)胞模型全景數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)集成了海量腫瘤細(xì)胞系全外顯子測(cè)序（WES）數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）數(shù)據(jù)、信號(hào)通路數(shù)據(jù)與藥敏信息（IC50等）數(shù)據(jù)的綜合性生物資源平臺(tái)。此平臺(tái)覆蓋了多個(gè)癌種的腫瘤細(xì)胞模型，將細(xì)胞的基因變異數(shù)據(jù)與藥物的藥敏數(shù)據(jù)進(jìn)行了關(guān)聯(lián)，繪制出腫瘤細(xì)胞模型的全景圖譜。

靶向藥物工程細(xì)胞模型數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)集合了激酶、免疫、GPCR、耐藥、示蹤等多種由基因工程手段改造的工程細(xì)胞模型信息的數(shù)據(jù)庫(kù)，便于查找500多個(gè)藥物相關(guān)靶點(diǎn)的篩選/檢定細(xì)胞模型的數(shù)據(jù)信息，助力制藥企業(yè)在早研階段快速進(jìn)行藥物靶點(diǎn)候選物的發(fā)現(xiàn)與篩選，在放行階段高效進(jìn)行抗體等藥物的檢定與質(zhì)量放行。

模塊一：腫瘤細(xì)胞模型全景數(shù)據(jù)庫(kù)

我能用“腫瘤細(xì)胞模型”分析做什么？

腫瘤細(xì)胞模型模塊整合了來(lái)自1000余種癌細(xì)胞系的多組學(xué)數(shù)據(jù)——包括基因表達(dá)數(shù)據(jù)，突變數(shù)據(jù)，拷貝數(shù)變異和基因融合數(shù)據(jù)、信號(hào)通路及藥敏數(shù)據(jù)——構(gòu)建出全面的相關(guān)性關(guān)聯(lián)圖譜。

直觀搜索工具

便捷訪問(wèn)：該平臺(tái)配備用戶友好的搜索功能，使研究人員能夠根據(jù)癌癥類型、突變狀態(tài)或藥物反應(yīng)等特定標(biāo)準(zhǔn)快速識(shí)別相關(guān)腫瘤模型。

高級(jí)篩選：運(yùn)用多重篩選條件優(yōu)化搜索結(jié)果，實(shí)現(xiàn)針對(duì)性篩選，精準(zhǔn)匹配特定研究目標(biāo)的最相關(guān)模型。

進(jìn)階分析，深化洞察：

A.多模型搜索

1.點(diǎn)擊模型頁(yè)面瀏覽所有模型，并應(yīng)用多模型篩選功能，包括人類細(xì)胞系、小鼠細(xì)胞系及其他物種細(xì)胞系模型。下圖演示了如何查看人類細(xì)胞系模型：使用頁(yè)面篩選選項(xiàng)縮小選擇范圍，并執(zhí)行多模型檢索。

2. a). 請(qǐng)參考下圖查看小鼠細(xì)胞系模型，使用篩選選項(xiàng)縮小選擇范圍，并執(zhí)行多模型檢索。
 

b). 輸入最多200個(gè)基因，查詢其在小鼠細(xì)胞系中的表達(dá)、突變及拷貝數(shù)變異情況。

3.訪問(wèn)并查看"細(xì)胞系-其他物種"下所有細(xì)胞系模型的基本信息。

B.尋找靶基因

1.搜索您的目標(biāo)基因。

2.根據(jù)癌癥類型、譜系、亞型、組織、性別、年齡、病毒感染及其他相關(guān)因素篩選樣本。點(diǎn)擊右上角的"選擇"按鈕確認(rèn)篩選條件。下圖中包含所有癌癥類型，篩選條件僅應(yīng)用于患者年齡介于7.6至70.1歲的病例。

您可以同時(shí)選擇多個(gè)項(xiàng)目。

3.指定目標(biāo)基因的mRNA表達(dá)水平、基因突變、拷貝數(shù)及基因融合情況。點(diǎn)擊“篩選”按鈕確認(rèn)選擇。您可下載包含篩選特征的模型。下圖所示樣本通過(guò)EGFR表達(dá)水平（2至9.8）及拷貝數(shù)擴(kuò)增特征進(jìn)行標(biāo)識(shí)。

4.展示按癌癥類型分類的模型數(shù)量的全面概覽，同時(shí)呈現(xiàn)基因表達(dá)圖譜，通過(guò)UMAP分析在整個(gè)轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)進(jìn)行可視化呈現(xiàn)。

5.使用“基因內(nèi)比較”功能，分析目標(biāo)基因的基因表達(dá)、基因拷貝數(shù)變異與基因突變之間的關(guān)系。

6.利用"基因間比較"模塊，對(duì)共表達(dá)與突變基基因關(guān)系進(jìn)行整合分析。

評(píng)估查詢基因與所有其他基因間的共表達(dá)模式，探索全基因組表達(dá)相關(guān)性。點(diǎn)擊任意基因可查看其與目標(biāo)基因的表達(dá)關(guān)聯(lián)。

評(píng)估突變排他性以識(shí)別潛在的合成致死或協(xié)同突變相互作用。點(diǎn)擊表格中任意基因，即可查看其與目標(biāo)基因的突變協(xié)同作用譜。

7.通過(guò)“藥理學(xué)”功能，可針對(duì)選定模型與指定目標(biāo)藥物可視化藥理學(xué)數(shù)據(jù)。一鍵生成藥敏熱圖（灰色區(qū)域表示無(wú)數(shù)據(jù)）或劑量反應(yīng)曲線，實(shí)現(xiàn)高效分析與可視化呈現(xiàn)。

8.通過(guò)整合基因表達(dá)、突變及拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)，利用"生物標(biāo)志物"功能評(píng)估目標(biāo)基因作為潛在藥物生物標(biāo)志物的價(jià)值。計(jì)算數(shù)據(jù)庫(kù)中基因表達(dá)/拷貝數(shù)變異與藥物反應(yīng)的相關(guān)性，在火山圖和表格中點(diǎn)擊任意目標(biāo)藥物即可可視化其散點(diǎn)圖及相關(guān)系數(shù)。驅(qū)動(dòng)/體細(xì)胞突變分析可評(píng)估目標(biāo)基因存在或不存在突變的組別間藥敏差異。

C.尋找相關(guān)藥物

1. 搜索您的目標(biāo)藥物。

2.根據(jù)癌癥類型、譜系、亞型、組織、性別、年齡、病毒感染及其他相關(guān)因素篩選樣本。點(diǎn)擊右上角的"選擇"按鈕確認(rèn)篩選條件。下圖中包含所有癌癥類型，篩選條件為TMB（突變負(fù)荷）范圍在1.6至51.5突變的病例。

您可以同時(shí)選擇多個(gè)項(xiàng)目。

3.查看目標(biāo)藥物的可用數(shù)據(jù)集：左上圖顯示每個(gè)數(shù)據(jù)集中針對(duì)該藥物測(cè)試的模型數(shù)量；右上圖展示多個(gè)數(shù)據(jù)集中共同測(cè)試的模型數(shù)量；左下圖基于IC50或AUC測(cè)量的療效，展示數(shù)據(jù)集間的成對(duì)相關(guān)性。點(diǎn)擊左下圖中的任意圖塊，將在右下圖生成對(duì)應(yīng)的療效相關(guān)性圖。

4.展示目標(biāo)藥物數(shù)據(jù)集中的IC50和AUC分布。通過(guò)Kruskal-Wallis檢驗(yàn)評(píng)估不同癌癥類型的療效差異，并以箱線圖呈現(xiàn)。當(dāng)p值<0.05時(shí)，表明所有癌癥類型存在顯著差異。您可選擇模型在單一圖表中顯示多條擬合劑量反應(yīng)曲線，或在獨(dú)立圖表中查看單條曲線。

5.通過(guò)分析所有測(cè)試藥物的UMAP分析結(jié)果，可直觀呈現(xiàn)藥物療效相似性，從而全面了解選定數(shù)據(jù)集中的藥物概況。點(diǎn)擊“突出顯示藥物”按鈕，即可在UMAP圖譜的表格中突出顯示您選定的藥物。

6.通過(guò)“藥物相似性”功能，利用斯皮爾曼或皮爾遜相關(guān)系數(shù)方法，探索選定數(shù)據(jù)集中所有藥物與目標(biāo)藥物的療效相似性。隨著p值降低及相關(guān)系數(shù)升高，表明藥物療效呈更強(qiáng)的正相關(guān)關(guān)系。點(diǎn)擊某項(xiàng)“藥物”即可查看其相關(guān)性圖譜。

D.尋找感興趣的通路

1.搜索您的目標(biāo)通路。

2.按癌癥類型、譜系、亞型、組織、性別、年齡、病毒感染及其他相關(guān)因素篩選樣本。默認(rèn)選中所有癌癥類型。點(diǎn)擊“重置”重新選擇，隨后點(diǎn)擊右上角的“選擇”按鈕確認(rèn)篩選條件。

3.滑動(dòng)選擇通路活性評(píng)分范圍以評(píng)估通路激活水平——評(píng)分越高對(duì)應(yīng)激活越強(qiáng)。三種主要計(jì)算方法（ssGSEA、GSVA和z-score）顯示出強(qiáng)相關(guān)性；建議采用其平均值——MetaScore。點(diǎn)擊“篩選”應(yīng)用選擇，或點(diǎn)擊“重置”清除并重新開始。

4. 通過(guò)交互式熱圖可視化查詢通路內(nèi)所有基因及其突變的表達(dá)情況，支持直觀的行列重新排序與聚類功能。展示通路活性、mRNA表達(dá)及相關(guān)基因的突變數(shù)據(jù)。支持以多種格式（包括csv、tsv及元組格式）下載底層數(shù)據(jù)。

5.為更清晰地展示功能特性，我們已選取所有癌癥類型的細(xì)胞系進(jìn)行展示。詳細(xì)信息以靈活表格形式呈現(xiàn)，您可添加各類通路活性評(píng)分，并按模型、癌癥類型及其他標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行篩選。所有數(shù)據(jù)均可查看與下載。

6.a). 展示按癌癥類型分類的模型數(shù)量的全面概覽，同時(shí)呈現(xiàn)基因表達(dá)圖譜，通過(guò)UMAP分析在整個(gè)轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)進(jìn)行可視化呈現(xiàn)。

b). 在兩個(gè)層面比較基因組學(xué)數(shù)據(jù)：通路活性與通路活性對(duì)比mRNA表達(dá)——通過(guò)點(diǎn)擊交互式圖表實(shí)時(shí)探索并定制可視化效果：在通路活性層面，計(jì)算所有通路活性評(píng)分之間的相關(guān)性；在通路活性對(duì)比mRNA表達(dá)層面，計(jì)算所有基因表達(dá)與目標(biāo)通路之間的相關(guān)性。您可根據(jù)需要在斯皮爾曼相關(guān)系數(shù)與皮爾遜相關(guān)系數(shù)方法間切換。

c). 從多來(lái)源收集藥理學(xué)數(shù)據(jù)，通過(guò)交互式熱力圖可視化并下載療效數(shù)據(jù)?？稍趌og10(IC50)、IC50和AUC三種顯示模式間切換。查看選定藥物的瀑布圖，并在圖表中突出顯示特定模型。

d). 對(duì)通路活性與標(biāo)準(zhǔn)治療療效數(shù)據(jù)進(jìn)行相關(guān)性分析，結(jié)果通過(guò)火山圖呈現(xiàn)。可在表格中探索對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊任意藥物旁的"顯示"按鈕，即可在右側(cè)面板查看該藥物療效與靶向通路活性的關(guān)聯(lián)關(guān)系。

模塊二：靶向藥物工程細(xì)胞模型數(shù)據(jù)庫(kù)

我能用“靶向藥物工程細(xì)胞模型”分析做什么？

靶向藥物工程細(xì)胞模型為500余個(gè)藥物靶點(diǎn)提供結(jié)構(gòu)化篩選及檢測(cè)合格信息。您可點(diǎn)擊任意模型查看其詳細(xì)信息。

1.在“首頁(yè)”上搜索關(guān)鍵詞以獲取具體型號(hào)信息。

2.訪問(wèn)專屬的"模型"頁(yè)面，探索可視化匯總圖表。將鼠標(biāo)懸停在任意柱狀圖上即可查看其精確數(shù)值，點(diǎn)擊柱狀圖可篩選下方表格，或直接在表格中應(yīng)用自定義關(guān)鍵詞搜索進(jìn)行篩選。